Het was een gewone ochtend. Akira Shiroyanagi, een middelbare scholier die dol is op spelletjes en Konpeito (Japanse snoepjes), wordt plotseling naar een slagveld gesleept door een mysterieus meisje dat zichzelf Mion noemt. De deelnemers krijgen te horen dat ze 'uit het familieregister zijn geschrapt, betrokken zijn bij een experiment en bepaalde bevoegdheden hebben gekregen'. Akira is vastbesloten om het spel te winnen met zijn nieuwe krachten en de organisatie te vernietigen. Gewapend met een kracht die niemand verwacht en zijn 'hersenvaardigheden', begint de nieuwe periode van inlichtingenstrijd!